Das Institut wurde 1966 als „Institut für Dogmengeschichte und Ökumenische Theologie“ errichtet und Johannes B. Bauer (1927-2008) zum Institutsvorstand bestellt, der diese Funktion bis zu seiner Emeritierung im Jahr 1995 innehatte. Johannes Bauer war ein Pionier in der katholischen Bibelwissenschaft, arbeitete im Bereich „Antike und Christentum“ und  war Ökumeniker vor allem der Praxis. Er hatte sich als erster Laientheologe im deutschsprachigen Raum 1962 in Graz habilitiert. (Publikationen)

Ihm folgte Anne Jensen (1941-2008) als erste Frau an der Grazer Fakultät nach, die sich im Fach „Theologische Frauenforschung und Ökumenische Theologie“ in Tübingen habilitiert hatte und die Forschung im Genderbereich und den Grazer Fakultätsschwerpunkt Theologische Frauenforschung maßgeblich vorantrieb. Sie leitete das Institut von 1997-2008. (Publikationen)

Seit 2011 ist Pablo Argárate Institutsleiter mit den Schwerpunkten Pneumatologie und Orthodoxie.

1990 wurde am Institut eine eigene Sektion für Orthodoxe Theologie eingerichtet, der bis zur seiner Pensionierung im Jahr 2007 Grigorios Larentzakis vorstand.

Einige interessante Beiträge zur Geschichte des Instituts (bis 2007) und der oben erwähnten Personen finden sich im Band 30-31 des Ökumenischen Forums.